Ya son más de 30 años desde que se describió por primera vez el método convencional de Sanger para la secuenciación de ADN que durante muchos años ha sido la fuente de información sobre genomas de distintos tipos de organismos: procarióticos, archea y eucarióticos, y es a través de estos estudios de los cuales ha quedado en claro las limitaciones (rendimiento y costo) y necesidades de obtener mayor información (Ronaghi, 2001).

La secuenciación masiva surge del desarrollo de la Secuenciación de Siguiente Generación (NGS, por sus siglas en inglés: Next Generation Sequencing), la cual ha permitido el desarrollo de técnicas eficientes y de alto rendimiento (Xu, 2006), menos costosa y más rápida (Quince, et al., 2011).

Las plataformas más utilizadas tanto en estudios de ensamblado de genomas completos como en estudios de diversidad son: Illumina (Solexa) y Pirosecuenciación 454 (Roche).

La primera, Illumina, es una plataforma basada en la secuenciación por síntesis, la cual provee de lecturas pequeñas de hasta 200 pares de bases, pero la secuenciación es simultánea lo cual asegura la obtención de miles de pequeñas secuencias en pocos días (Mardis, 2008a). Esta plataforma es mayormente utilizada para el ensamblado de genomas completos y algunos pocos estudios de diversidad. La técnica de Illumina se basa en una PCR tipo puente, la cual se describe en la siguiente figura:

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Figura 1. PCR tipo puente desarrollada para la secuenciación por la plataforma Illumina. Modificado de:  Mardis, 2008b. Click en la imagen para ampliarla.

Por otro lado, la plataforma de Pirosecuenciación 454, desarrollada por Roche, permite la obtención de secuencias de mayor amplitud que Illumina, de hasta ¡1000 pares de bases! y en menor tiempo, es decir, en ¡horas! El principio de esta tecnología se basa en la llamada PCR de emulsión, la cual permite la amplificación del ADN dentro de un micro-reactor, como lo podemos observar en la siguiente figura:

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Figura 2. Preparación de ADN y PCR de emulsión  (Mardis, 2008b).

El desarrollo de este tipo de tecnologías han llevado a nuevos retos, los cuales se basan en la pregunta: ¿Y ahora qué hacemos con los miles de secuencias obtenidas? para ello, la Bioinformática ha ayudado a poder analizar estas secuencias, pero de ello hablaremos en otra ocasión.

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