Cuando escuche por primera vez este termino de verdad no sabía que esperar.

Las curvas de rarefacción son un índice de diversidad que pueden ser utilizadas por los ecólogos de todas áreas, y son una unidad de esfuerzo de muestreo de especies, donde se dibuja una curva que se pretende llegue a ser asíntota, es decir, si la curva llega a ser asíntota se tuvo un buen muestreo de acuerdo al número de especies identificadas.

Me puedo imaginar que hace algunos años calcular estas curvas de rarefacción era una tarea difícil dado que el uso de las computadoras no era tan amplio como lo es ahora, pero cuando estas se popularizaron se volvió una tarea relativamente sencilla, al solamente tener que ingresar las matrices de datos y dar clicks. También me puedo imaginar que los problemas más comunes eran básicamente tener ordenadas las matrices de datos y seguir el principio de GIGO. Además, también puedo creer que las matrices eran relativamente pequeñas (10×100?) y se podían hacer correcciones manuales y a “ojiori“.

Ahora los microbiólogos están haciendo uso de ellas y esta tarea se ha vuelto una pesadilla. Imaginen que con las nuevas técnicas de secuenciación masiva pueden reconocer hasta miles de especies en una sola muestra, estamos hablando de matrices de X’s numero de muestras (renglones) por 1,000 o más número de especies (columnas). Sin duda, las técnicas de correción a ojiori han pasado a ser cosa del pasado.

Ahora bien, los expertos en bioinformática han venido a resolver estos tipos de problemas al crear software que nos hace el trabajo sucio de hacer nuestros scripts. Aun así, la mayoría de estos programas están pensados e ideados para matrices  “pequeñas”. Además, no solo hablamos de aprender a usar el programa (recordemos, GIGO), si no de tener la suficiencia computacional. ¿A qué me refiero con eso? Tratando de hacer un script en Matlab de acuerdo a la literatura, en algún lado y fórmula tenemos que utilizar un remuestreo factorial (n!, 1x2x3 … (n-1) x n), en ese momento comprendí  porque Matlab me arrojó un error y casi me da una bofetada, dado que yo quería calcular aprox. (5,000!), y Matlab solo tiene confianza de calcular números con una magnitud de 10^15.

Ahora la biología y ecología va a tener que hacer uso de la bioinformática en manera desmedida, reto que los nuevos biólogos y ecólogos van a tener que afrontar sin ver para atrás. Pero hay que recordar y hacer hincapié en esto, debemos saber utilizar los programas y paquetes de datos, pero también debemos saber qué es lo que nos dicen los números.

Para calcular curvas de rarefacción, les podemos recomendar EcoSimSPADE o EstimateS, todos ellos programas de licencia libre, y sin duda también debemos recomendarles dentro de la librería vegan de R los comandos rarefy y rrarefy.